Audit Mutu Internal adalah kegiatan yang independen, obyektif, terencana secara sistematik, dan berdasarkan serangkaian bukti yang bertujuan memberikan nilai tambah atau perbaikan bagi unit yang diaudit, sehingga unit tersebut dapat mencapai atau memenuhi tujuan yang ditetapkan. Kriteria audit pada Audit Mutu Internal, yang diperiksa  adalah  seputar  kebijakan,  prosedur atau persyaraan yang dijadikan rujukan. Audit Mutu Internal bertujuan untuk memeriksa sejauh mana Fakultas Ilmu Kesehatan menerapkan sistem  manajemen  mutu, memeriksa kesesuaian penerapan dengan persyaratan sistem majemen mutu, menilai gap antara pelaksanaan kinerja dengan standar mutu yang diterapkan.

Fikes Unmerbaya memiliki kepentingan untuk mengukur kinerja lembaga, unit, dan perangkat kerja pendukungnya. Audit Mutu Internal menjadi salah satu instrumen evaluasi yang diberlakukan untuk menemukenali (assesment), mendiagnosa, dan memetakan persoalan dan capaian kinerja dalam satu periode tertentu. Pelaksanaan Audit Mutu Internal merupakan langkah yang terintegrasi dengan Badan Penjaminan Mutu (BPM) di Universitas Merdeka Surabaya.